Gedung Rektorat Institut Agama Islam Syaichona Mohammad Cholil (INSYA) Bangkalan merupakan pusat administrasi, manajemen strategis, dan pusat kendali operasional kampus yang terletak di lokasi barunya di Kelurahan Martajasah, Bangkalan. Gedung ini menjadi simbol transformasi profesionalitas tata kelola kelembagaan seiring dengan alih status kampus dari sekolah tinggi (STAIS) menjadi institut (INSYA).

• Pusat Manajemen & Kebijakan Strategis: Menjadi kantor kerja utama bagi rektor, para wakil rektor, senat, serta jajaran birokrasi kampus untuk merumuskan kebijakan akademik dan pengembangan kelembagaan masa depan.
• Sentral Layanan Administrasi: Mengintegrasikan seluruh administrasi utama kampus, mulai dari pelayanan akademik, pendaftaran mahasiswa baru (PMB), sistem informasi akademik, hingga urusan keuangan.
• Ruang Pertemuan & Rapat Pemimpin: Menyediakan ruang pertemuan khusus—seperti Ruang Rapat Gedung Kyai Abdullah—yang digunakan untuk rapat koordinasi jajaran pimpinan, evaluasi mutu internal, dan penandatanganan kerja sama (MoU) antar-institusi.
• Pusat Hubungan Kelembagaan (Diplomasi Kampus): Menjadi tempat resmi untuk menerima kunjungan kerja dari pemerintah, organisasi keagamaan, serta instansi pendidikan tinggi mitra baik regional maupun nasional.